キルギスでは、「ウズベキスタン・イスラム運動」（IMU）（注9）が、1999年8月、南部・オシ州バトケン地区（現バトケン州）で、邦人技師4人を誘拐した（同年10月解放）。これ以外にも、2010年11月から12月、首都ビシュケクで爆弾テロ等が発生したほか、2016年8月には、ビシュケクで中国大使館に対する自爆テロが発生した。

このほか、「イラク・レバントのイスラム国」（ISIL）は、2015年7月、キルギス人に対し、不信仰者の国から「イスラム国」に移住するよう呼び掛ける「キルギス人へのメッセージ」と題した映像を発出したほか、2017年10月にビシュケクでの警察官殺害後には、ISILと関連を有する「アーマク通信」が、ISILによる犯行である旨報じた。

なお、キルギスからロシアに渡った移民労働者を中心に、これまで約850人のキルギス人が戦闘員等としてイラク又はシリアに渡航したとされ（注10）、2018年以降、これらの紛争地域から帰国した戦闘員が複数拘束されている。