| 6月 5日（月） |
- オウム真理教代表・麻原彰晃こと松本智津夫被告の弁護団は，控訴棄却に対する異議申立てを棄却した東京高裁の決定を不服として，最高裁に特別抗告。
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| 6月 8日（木） |
- 公安調査庁は，オウム真理教・金沢施設に対する立入検査を実施（石川県）。
金沢施設
- オウム真理教の被害者賠償問題で，一般債権者から債権を譲り受け，その配当分を事件の被害者，遺族への賠償に充てるための基金組織「オウム真理教犯罪被害者支援機構」が発足。
- イラク駐留多国籍軍が，「イラクの聖戦アルカイダ機構」を率いるアブムサブ・ザルカウィ容疑者を殺害。
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| 6月11日（日） |
- 過激各派は，「日米安保条約改定阻止」闘争で全学連が「国会包囲・突入デモ」を実施したことを記念し，反安保闘争を実施（15日及び18日にも実施，全国各地）。
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| 6月12日（月） |
- 右翼団体が，日本と韓国の排他的経済水域をめぐる第５回交渉に合わせ，竹島奪還などを訴える街宣活動や外務省，韓国大使館への抗議活動を実施（東京都）。
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| 6月14日（水） |
- イスラム系テロ組織ジェマー・イスラミアの最高指導者アブ・バカル・バシル師が，服役していたチピナン刑務所から出所。同師は，インドネシア・バリ島爆弾テロ（2002年10月）などに関与したとして服役。
- アフガニスタン治安部隊と米軍主導の多国籍軍が，アフガニスタン南東部の山岳地帯において，イスラム原理主義勢力タリバンに対する掃討作戦を実施（～15日）。今回の掃討作戦は，2001年タリバンの政権崩壊後，最大規模。
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| 6月20日（火） |
- 公安調査庁は，オウム真理教・港南施設に対する立入検査を実施（神奈川県）。
- 日本政府は，イラク・サマワ地域に派遣している陸上自衛隊の撤収を決定。
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| 6月27日（火） |
- 公安調査庁は，オウム真理教・八潮大瀬施設に対する立入検査を実施（～28日，埼玉県）。
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| 6月28日（水） |
- 日本人拉致被害者・横田めぐみさんの夫とされる韓国人拉致被害者・金英男氏が，母親の崔桂月さん，姉の金英子さんらと28年振りに北朝鮮のホテルで再開。
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| 6月29日（木） |
- 7月のサンクトペテルブルク・サミットの準備会合となるG8外相会合が閉幕。当該会合の議長声明は，イランの核問題や北朝鮮の核放棄及び拉致問題に関する協調を確認。
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