ケニアでは、「アルカイダ」が、1992年頃、首都ナイロビに傘下組織を設置し、1998年8月に在ケニア米国大使館爆破テロ事件を、2002年11月には南部・モンバサのイスラエル系ホテルでの自爆テロ及びイスラエル系航空機に対するミサイル攻撃を実行したほか、隣国ソマリアで米軍と戦闘中のソマリア民兵に武器等を提供した。

ケニア政府は、2011年9月に東部で発生した英国人夫妻に対する襲撃事件（夫は射殺され、妻はソマリア南部・キスマヨに連れ去られた）を「アル・シャバーブ」による犯行であると断定し、同組織掃討のため、ソマリア国内に軍を派遣するとともに、2012年2月には、ソマリア暫定政府に対する支援等を目的としたアフリカ連合ソマリアミッション（AMISOM）にも部隊を派遣した。これに対して、「アル・シャバーブ」は、ケニアを敵視し、同国内の支持者に対して政府への報復攻撃を呼び掛けた。その後、ナイロビ、ソマリアとの国境地帯及び南部・モンバサにおいて同組織によるテロが連続して発生した。また、同組織は、2013年9月のナイロビ・ショッピングモール襲撃事件について犯行を主張するとともに、ケニア政府に対し、「平和を取り戻したければ、ソマリアから軍を引くべきである」などと主張した。

「アル・シャバーブ」は、2014年以降もケニア北東部・マンデラ郡を中心に治安当局等を標的としたテロを続発させたほか、2019年1月には、ナイロビにおいて、ホテルやオフィスが入った複合施設へのテロを引き起こした。